بعد از استقرار سامانه مودیان سازمان مجاز است حداکثر یک درصد (%1) از پرونده‌های مالیاتی مودیان عضو سامانه مودیان را با اولویت مودیان بزرگ مورد رسیدگی قرار دهد. چگونگی انتخاب مودیانی که پرونده آنها باید مورد رسیدگی قرار گیرد، در دستورالعملی که با پیشنهاد سازمان به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد، معین می‌شود. سازمان مکلف است تا پایان مهرماه هر سال فهرست اسامی مودیانی که مشمول رسیدگی قرار می‌گیرند را در سامانه عملیات الکترونیکی خود اعلام عمومی کند